NACIÓ EN LA CIUDAD DE MÉXICO EL 30 DE JUNIO DE 1939. REALIZÓ ESTUDIOS DE DERECHO EN LA UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO (UNAM). FUE UNO DE LOS ESCRITORES MÁS RECONOCIDOS DE LA LITERATURA MEXICANA DEL SIGLO XX. CULTIVÓ CASI TODOS LOS GÉNEROS LITERARIOS (NOVELA, CUENTO, POESÍA Y ENSAYO), ASÍ COMO LA TRADUCCIÓN, EL PERIODISMO LITERARIO Y EL GUION CINEMATOGRÁFICO.
INICIÓ SUS ACTIVIDADES LITERARIAS EN LA REVISTA MEDIO SIGLO Y EN ESTACIONES. FUE SECRETARIO DE REDACCIÓN DE MÉXICO EN LA CULTURA, DEL PERIÓDICO NOVEDADES (1960-1961), DE LA REVISTA DE LA UNIVERSIDAD DE MÉXICO (1960-1964), JEFE DE REDACCIÓN DE LA CULTURA EN MÉXICO, DE LA REVISTA SIEMPRE! (1962-1971) Y DE DIÁLOGOS (1964-1965) Y MIEMBRO DEL CONSEJO DE REDACCIÓN DE LA REVISTA MEXICANA DE LITERATURA (1964). FORMÓ PARTE DEL GRUPO POESÍA EN VOZ ALTA (1957), JUNTO CON ALFONSO REYES, JOSÉ DE LA COLINA, ELENA GARRO, LEÓN FELIPE Y JUAN GARCÍA PONCE, ENTRE OTROS.
IMPARTIÓ CÁTEDRA EN VARIAS UNIVERSIDADES DE ESTADOS UNIDOS, CANADÁ E INGLATERRA.
A LOS DIECINUEVE AÑOS PUBLICÓ SUS PRIMEROS CUENTOS EN EL LIBRO LA SANGRE DE MEDUSA Y OTROS CUENTOS MARGINALES (1958), DESPUÉS EL VIENTO DISTANTE (1963) Y EL PRINCIPIO DEL PLACER (1972).
ESCRIBIÓ DOS NOVELAS MORIRÁS LEJOS (1967) Y LAS BATALLAS EN EL DESIERTO (1981).
DE SU OBRA POÉTICA DESTACAN LOS ELEMENTOS DE LA NOCHE (1962), EL REPOSO DEL FUEGO (1966), NO ME PREGUNTES CÓMO PASA EL TIEMPO (1969), IRÁS Y NO VOLVERÁS (1973), ISLAS A LA DERIVA (1976), DESDE NTONCES (1980), LOS TRABAJOS DEL MAR (1984), CIUDAD DE LA MEMORIA (1989), EL SILENCIO DE LA LUNA (1994), LA ARENA ERRANTE (1999), SIGLO PASADO (2000), LA EDAD DE LAS TINIEBLAS Y COMO LA LLUVIA (AMBAS DE 2009), TODOS LOS ANTERIORES REUNIDOS EN TARDE O TEMPRANO (POEMAS 1958-2009) (2009).
DE 1973 A JULIO DE 1976 PUBLICÓ LA COLUMNA “INVENTARIO” EN EL SUPLEMENTO DIORAMA DE LA CULTURA DEL PERIÓDICO EXCÉLSIOR, EN ESE ENTONCES DIRIGIDO POR JULIO SCHERER GARCÍA, TRAS EL GOLPE A DICHO DIARIO, JOSÉ EMILIO CONTINUÓ SU COLUMNA EN PROCESO, DE NOVIEMBRE DE ESE AÑO HASTA SU MUERTE.
COMO TRADUCTOR, REALIZÓ LAS “APROXIMACIONES” DE CUATRO CUARTETOS, DE T.S. ELIOT; DE PROFUNDIS, DE OSCAR WILDE; UN TRANVÍA LLAMADO DESEO, DE TENNESSEE WILLIAMS; CÓMO ES, DE SAMUEL BECKETT Y VIDAS IMAGINARIAS, DE MARCEL SCHWOB, POR MENCIONAR ALGUNAS. ESCRIBIÓ, CON ARTURO RIPSTEIN, LOS GUIONES CINEMATOGRÁFICOS EL CASTILLO DE LA PUREZA (1972), EL SANTO OFICIO (1974) Y FOX-TROT (1976). EDITÓ Y PROLOGÓ NUMEROSAS ANTOLOGÍAS COMO LA ANTOLOGÍA DEL MODERNISMO (1884-1921), LITERATURA INGLESA, POESÍA EN MOVIMIENTO Y OBRAS DE AUTORES COMO FEDERICO GAMBOA, JOSÉ OROSTIZA Y SALVADOR NOVO.
RECIBIÓ NUMEROSOS PREMIOS, ENTRE ELLOS, EL MAGDA DONATO 1967; EL PREMIO NACIONAL DE POESÍA AGUASCALIENTES 1969; EL PREMIO XAVIER VILLAURRUTIA 1973; EL PREMIO NACIONAL DE PERIODISMO 1980; PREMIO MALCOLM LOWRY 1991; EL PREMIO NACIONAL DE CIENCIAS Y ARTES 1992, EN EL CAMPO DE LINGÜÍSTICA Y LITERATURA; EL PREMIO FERNANDO BENÍTEZ 1995 DE PERIODISMO CULTURAL; EL PREMIO JOSÉ ASUNCIÓN SILVA 1996 (COLOMBIA); EL PREMIO MAZATLÁN DE LITERATURA 1998, POR ÁLBUM DE ZOOLOGÍA; EL PREMIO IBEROAMERICANO DE LETRAS JOSÉ DONOSO 2001 (CHILE); EL PREMIO INTERNACIONAL OCTAVIO PAZ DE POESÍA Y ENSAYO 2003; EL PREMIO DE POESÍA IBEROAMERICANA RAMÓN LÓPEZ VELARDE 2003; EL PREMIO IBEROAMERICANO DE POESÍA PABLO NERUDA 2004 (CHILE); EL PREMIO INTERNACIONAL DE POESÍA CIUDAD DE GRANADA FEDERICO GARCÍA LORCA 2005 (ESPAÑA); PREMIO DE LITERATURA MIGUEL DE CERVANTES 2009 (ESPAÑA); PREMIO REINA SOFÍA DE POESÍA IBEROAMERICANA 2009 (ESPAÑA); Y EL PREMIO ALFONSO REYES 2011, POR EL COLEGIO DE MÉXICO.
FUE MIEMBRO HONORARIO DE LA ACADEMIA MEXICANA DE LA LENGUA (2006); DOCTOR HONORIS CAUSA POR LA UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE SINALOA (1979), LA UNIVERSIDAD AUTÓNOMA METROPOLITANA (2001), LA UNIVERSIDAD VERACRUZANA (2002), LA UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE NUEVO LEÓN (2009), LA UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE CAMPECHE Y LA UNAM (AMBAS EN 2010) Y PROFESOR DISTINGUIDO EN EL DEPARTAMENTO DE ESPAÑOL DE LA UNIVERSIDAD DE MARYLAND.
JOSÉ EMILIO PACHECO BERNY INGRESÓ A EL COLEGIO NACIONAL EL 10 DE JULIO DE 1986.
SU DISCURSO DE INGRESO “A 150 AÑOS DE LA ACADEMIA DE LETRÁN” FUE CONTESTADO POR JAIME GARCÍA TERRÉS. FALLECIÓ EN LA CIUDAD DE MÉXICO EL 26 DE ENERO DE 2014.