En la sesión de Congreso del 11 de junio de 1861, se aprobó el dictamen que eclaro Presidente Constitucional de la República Mexicana a Benito Juárez, aunque casi la mitad de los miembros votaron en contra. La votación en el Congreso fue de 61 a favor y 55 en contra.
El 15 de junio Juárez tomó posesión del cargo. Durante ese periodo enfrentó disputas y renuncia de varios de sus colaboradores, la desobediencia civil a leyes de reforma, la invasión francesa a causa de la suspensión de pagos de la deuda, entre otros acontecimientos.